মাগুরা জেলা থেকে শালিখা উপজেলা ১৪কিলোমিটার দক্ষিনে অবস্থিত । শালিখা উপজেলার সরকারী, বেসরকারী প্রতিষ্ঠানের কার্যক্রম, উপজেলা পরিষদ, থানা আড়পাড়া নামক জায়গায় অবস্থিত।
শালিখা উপজেলার উত্তরে মাগুরা সদর উপজেলা, পশ্চিমে ঝিনাইদহ জেলার কালীগঞ্জ উপজেলা , পূর্বে মাগুরা জেলার মহম্মদপুর উপজেলা এবং দক্ষিণে যশোর জেলার বাঘারপাড়া উপজেলা অবস্থিত।
শালিখা উপজেলা ২৩˚-৪২′′ থেকে ২৩˚-৪৪′′ উত্তর অক্ষাংশে এবং৮৯˚-৩৮′′ থেকে ৮৯˚-৪১′′ পূর্ব দ্রাঘীমাংশে অবস্থিত।